lammpsのdump commandで生成したtrajectryファイルを解析できます。ただし 以下のdumpコマンドでlammpstrjを出力する必要があります。
-+dump 1 all custom 1 hoge.lammpstrj id type element x y z vx vy vz dump_modify 1 element Ar sort id
配位数や原子間距離等の局所構造を表す動径分布関数の計算を計算します。動径分布関数\(g(r)\) は平均数密度\(\rho_0\) からのずれとして定義されます。 \[ @@ -289,14 +289,14 @@ g(r) = \frac{\left< n(r+\Delta r) \right>}{4\pi r^2 \Delta r}\cdot \frac{1}{\rho
ID=0,1,2,3とID=8,9,10,11の(r)を計算する場合(IDは0からスタートすることに注意))
-+dump2analysis -m gr -a 0,1,2,3 -b 8,9,10,11 -i hoge.lammpstrj -o hoge.grPとLiのG(r)を計算する場合
-+dump2analysis -m gr -x P -y Li -i hoge.lammpstrj -o hoge.gr@@ -306,9 +306,9 @@ dump2analysis -m gr -x P -y Li -i hoge.lammpstrj -o hoge.gr
原子の平均二乗変位\(MSD(t)\) の計算をします。 \[ @@ -321,10 +321,6 @@ D = \frac{1}{6t} MSD(t) よって\(MSD(t)\) が直線になったところの傾きから\(D\) を求めることができます。
--「コンピュータシミュレーションによる物質化学」 p.50参照 -
-計算対象する原子は、元素名、原子タイプ、IDで選択します。–dtで1ステッ @@ -336,29 +332,29 @@ D = \frac{1}{6t} MSD(t)
LiのMSDを1ステップ2fsで計算する場合は以下のとおりです。
-+dump2analysis -m msd -x Li --dt 2 -i hoge.lammpstrj -o hoge.msd
S-P-S結合の角度分布は、以下のように計算します。–rcut_abと–rcut_bcで 結合の有無を判断する距離を指定する必要があります。結合原子を逐次、検索 するので遅い。結合の組み換えがない場合は、自作した方が良いでしょう。
-+dump2analysis -m angle -x S -y P -z S --rcut 3.0 -i hoge.lammpstrj -o huga.angle
次の式にしたがって指定した原子の速度関数を計算します。 \[ @@ -389,14 +385,14 @@ dump2analysis -m angle -x S -y P -z S --rcut 3.0 -i hoge.lammpstrj -o huga.angl 1000ステップ分の速度相関関数を100ステップシフトさせながら計算する場 合。
-+dump2analysis -m vcorr -i hoge.lammpstrj -o hoge.vcorr -x Li --dt 1 --tau 1000 --shift 100
次の式にしたがって指定した水分子の回転相関関数を計算します。 \[ @@ -422,22 +418,22 @@ dump2analysis -m vcorr -i hoge.lammpstrj -o hoge.vcorr -x Li --dt 1 --tau 1000 - 1000ステップ分の速度相関関数を100ステップシフトさせながら計算する場 合。
-+dump2analysis -m vcorr -i hoge.lammpstrj -o hoge.vcorr -x Li --dt 1 --tau 1000 --shift 100
空間をvoxcelで分割し、voxcel毎に指定した原子が存在する存在頻度、速 度、力のいずれかでcubeファイルを作成します。cubeファイルのパラメー タは、–cube_typeで指定します。
-+--cube_type 1 (指定原子の頻度) --cube_type 2 (指定原子の速度ノルム) --cube_type 3 (指定原子の力ノルム) @@ -459,7 +455,7 @@ isovalueとRangeを調整します。色を変えたい場合は、Coloring meth Volumeを選択しTrajectory->Color Scale Data Rangeを調整します。 -+dump2analysis -m cube -x Li --cube_type 1 -i hoge.lammpstrj -o hoge.cube@@ -471,9 +467,9 @@ offsetの値(1,2,3列のデータ)を調整してください。
空間をvoxcelで分割し、指定した有限サイズの原子が占めるvoxelの密度分 布を求めます。半径は–radiusで与えます。radiusのデフォルト値は0.68 @@ -498,7 +494,7 @@ isovalueとRangeを調整します。色を変えたい場合は、Coloring meth Volumeを選択しTrajectory->Color Scale Data Rangeを調整します。
-+dump2analysis -m cube_radius --radius 0.68 -x Li -i hoge.lammpstrj -o hoge.cube@@ -510,29 +506,29 @@ offsetの値(1,2,3列のデータ)を調整してください。
空間をvoxcelで分割し、voxcel毎に指定した原子が指定したステップの間 に移動する距離でcubeファイルを作成します。移動する距離は–tauで指 定します。他は–nx, –ny, –nzはcubeファイルの計算と同じです。
-+--tau 1 (jumpの時間ステップ)-+dump2analysis -m cube_jump -x Li --tau 1 -i hoge.lammpstrj -o hoge.cube
\(N\) 粒子の jump時間\(t\) と移動距離の分布であるvan Hove関数を計算します。\(t\) は–tauで指定します。–shiftで統計を稼ぎくことができます。 \[ @@ -547,18 +543,18 @@ dump2analysis -m cube_jump -x Li --tau 1 -i hoge.lammpstrj -o hoge.cube 5fsでのvan Hove関数 \(G(r, 500fs)\) を10ステップのシフトで計算する場合。
-+dump2analysis -m vanHove -x Li --dt 5 --tau 100 --shift 10 -i hoge.lammpstrj -o hoge.cube
cubeファイルを任意の面でスライスしてコンタープロットします。
-+-a スライスする面と垂直の軸を指定 a, b, cのいずれか -s スライスする面の幅の始まりと終わりを指定する。0から1の範囲@@ -568,7 +564,7 @@ cubeファイルを任意の面でスライスしてコンタープロットし