first commit, Readme.html更新して、git管理することにした。

2023-05-26 20:13:05 +09:00
commit ce85e3907f
26 changed files with 158505 additions and 0 deletions
@@ -0,0 +1,99 @@
+#include "dump2analysis.h"
+/* DOCUMENT */
+/* -m cube_radius */
+/* lammpstrjから指定した原子を有限のサイズを考慮してグリッドデータ(cubeファイル)を作成する。 */
+/* cubeファイルは、VESTAやVMDでisosurfaceやvolumes urfaceで可視化できる。 */
+/* cubeファイル中での指定以外の原子座標は、全ステップの平均値とする */
+/* 基本的に1種類の原子によるグリッドデータのみを想定している */
+
+void ErrorCube_Radius(){
+  printf("Required arguments atoms A\n");
+  printf("(-a, -x, -s) atom A\n");
+  printf("------------------------------------------------------------\n");
+  printf("Optional arguments for cube analysis:\n");
+  printf("--nx        numebr boxcel on X            [100]\n");
+  printf("--ny        numebr boxcel on X            [100]\n");
+  printf("--nz        numebr boxcel on X            [100]\n");
+  printf("--radius    atomic radius                 [0.7]\n");
+  printf("------------------------------------------------------------\n");  
+  printf("Example:\n");
+  printf("dump2analysis -m cube_radius -x Li --radius 0.7 -i hoge.lammpstrj -o hoge.cube\n");
+  exit(0);
+}
+
+void EstimateCube_Radius(PARAM *param){
+  int i, j, k;
+  int ix, iy, iz;
+  FILE *f;
+  HEAD head;
+  ATOMS a;
+  double ***rho;
+  double da, db, dc;
+  double r, x, y, z, xp, yp, zp;
+  double dx, dy, dz;
+
+  /* メモリ確保 */
+  rho = malloc(sizeof(double**) * NZ);
+  for (i=0; i<NZ; i++) rho[i] = malloc(sizeof(double*) * NY);
+  for (i=0; i<NZ; i++){
+    for (j=0; j<NY; j++) rho[i][j] = malloc(sizeof(double*) * NX);
+  }
+  /* 初期化 */
+  for (i=0; i<NZ; i++){
+    for (j=0; j<NY; j++){
+      for (k=0; k<NX; k++){
+	rho[i][j][k] = 0.0;
+      }
+    }
+  }
+  
+  /* エラーのチェック */
+  if (ArgCheckInputOutput(param) != 0) ErrorCube_Radius();
+  SetAtomsSteps(param);
+  /* 1: A原子以外も指定している */
+  if (CheckArgAtomSelect(param) != 1) ErrorCube_Radius();
+
+  /* 原子数を与えての構造体のメモリ確保 */
+  Allocate(&a, param->atoms);
+
+  /* ファイルオープン */
+  f = fopen(param->infile, "r");
+  
+  /* ステップ毎にデータを取得する */
+  da = 1.0/(double)NX;
+  db = 1.0/(double)NY;
+  dc = 1.0/(double)NZ;
+  for (i=0; i<param->steps; i++){
+    GetData(f, param, &head, &a, NULL, NULL);
+    for (j=0; j<a.atoms; j++){
+      /* voxelの中心点と原子の距離を探すloop */
+      for (ix=0; ix<NX; ix++){
+	for (iy=0; iy<NY; iy++){
+	  for (iz=0; iz<NZ; iz++){
+	    xp = ix*da + 0.5*da;
+	    yp = iy*db + 0.5*db;
+	    zp = iz*dc + 0.5*dc;
+	    dx = a.x[j] - xp;
+	    dy = a.y[j] - yp;
+	    dz = a.z[j] - zp;
+	    dx = dx - rint(dx);
+	    dy = dy - rint(dy);
+	    dz = dz - rint(dz);
+	    /* 絶対座標に変換 */
+	    x = dx*head.A[0][0] + dy*head.A[1][0] + dz*head.A[2][0];
+	    y = dx*head.A[0][1] + dy*head.A[1][1] + dz*head.A[2][1];
+	    z = dx*head.A[0][2] + dy*head.A[1][2] + dz*head.A[2][2];
+	    r = sqrt(x*x + y*y + z*z);
+	    if (r < RADIUS) rho[iz][iy][ix] += 1.0;
+	  }
+	}
+      }
+    }
+    printf("step: %d\r", i);
+    fflush(stdout);
+  }
+  printf("\n");
+  fclose(f);
+
+  OutputCube(param, rho);
+}