first commit, Readme.html更新して、git管理することにした。

2023-05-26 20:13:05 +09:00
commit ce85e3907f
26 changed files with 158505 additions and 0 deletions
@@ -0,0 +1,62 @@
+#include "dump2analysis.h"
+/* -m template */
+/* lammpstrjから3原子の角度分布を計算する */
+/* A原子(-a, -x, -s)とB原子(-c, -z, -u)で端の原子を指定する。 */
+/* B原子(-b, -y, -t)で中心原子を指定する。 */
+/* --rcut_abは角度を計算するA-B原子距離のカッとオフ。 default:2.3 */
+/* --rcut_bcは角度を計算するB-C原子距離のカッとオフ。 default:2.3 */
+
+void ErrorTemplate(){
+  printf("Required arguments atoms A, atoms B, and atom C\n");
+  printf("(-a, -x, -s) atom A\n");
+  printf("(-b, -y, -t) atom B\n");
+  printf("(-c, -z, -u) atom B\n");
+  printf("------------------------------------------------------------\n");
+  printf("Optional arguments for Gr analysis:\n");
+  printf("--rcut_ab cut-off for A-B bonds  [2.3]\n");
+  printf("--rcut_bc cut-off for B-C bonds  [2.3]\n");
+  printf("------------------------------------------------------------\n");  
+  printf("Example:\n");
+  printf("dump2analysis -m angle -x Si -y O -z Si -i hoge.lammpstrj -o hoge.angle\n");
+  exit(0);
+}
+
+
+void OutputTemplate(PARAM *p){
+  FILE *fp;
+
+  fp = fopen(p->outfile, "w");
+  fclose(fp);
+
+}
+
+void EstimateTemplate(PARAM *param){
+  FILE *f;
+  HEAD head;
+  ATOMS a, b, c; /* bが中心元素 */
+  int i, j, k;
+  int s;
+  
+  if (ArgCheckInputOutput(param) != 0) ErrorTemplate();
+  SetAtomsSteps(param);
+  if (CheckArgAtomSelect(param) != 7) ErrorTemplate();
+
+  Allocate(&a, param->atoms);
+  Allocate(&b, param->atoms);
+  Allocate(&c, param->atoms);
+  f = fopen(param->infile, "r");
+  
+  /* 距離の計算 */
+  for (s=0; s<param->steps; s++){
+    if (s%10 == 0) printf("Calculating angle step: %d...\n", s);
+    /* 原子の選択 */
+    GetData(f, param, &head, &a, &b, &c);
+    for(i=0; i<b.atoms; i++){
+      for(j=0; j<a.atoms; j++){
+	for(k=0; k<c.atoms; k++){
+	}
+      }
+    }
+  }
+  OutputTemplate(param);
+}