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2.6 KiB
C
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#include "dump2analysis.h"
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/* -m template_msd */
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/* lammpstrjから指定した原子の平均二乗変位(MSD)を時間シフトしながら計算する */
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/* 原子タイプで指定しても最初のステップのidで原子を選択する */
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/* --shfitと--tauを小さくすればMSDの統計が稼げる。ただしシフトが小さすぎるMSDが変化する。 */
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/* --shiftでMSDが変わらないようパラメータを調整する。 */
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/* 教科書Pを参照 */
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/* A原子(-a, -x, -s)を指定する。 */
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/* --shiftはMSDを計算する時にシフトさせるステップ default:1 */
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/* --tauはMSDを計算する時間ステップ範囲。-1でMDの全ステップでMSDを計算する default:-1 */
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/* --dtはMDの時間ステップでの時間(fs単位) default:1.0 */
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void ErrorTemplateMSD(){
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printf("Required arguments atoms A\n");
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printf("(-a, -x, -s) atom A\n");
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printf("------------------------------------------------------------\n");
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printf("Optional arguments for TemplateMSD analysis:\n");
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printf("--shift time shift for TemplateMSD [1]\n");
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printf("--tau time period for TemplateMSD (-1: all steps [-1]\n");
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printf("--dt time period for one step (fs) [1.0]\n");
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printf("------------------------------------------------------------\n");
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printf("Example:\n");
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printf("dump2analysis -m msd -x Li --dt 1.2 --tau 2500 --shift 100 -i hoge.lammpstrj -o hoge.msd\n");
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exit(0);
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}
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void OutputTemplateMSD(PARAM *p){
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FILE *f;
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f = fopen(p->outfile, "w");
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fclose(f);
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}
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void EstimateTemplateMSD(PARAM *param){
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int i, j, p, step_counter=0;
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FILE *f;
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HEAD head;
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ATOMS a;
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if (ArgCheckInputOutput(param) != 0) ErrorTemplateMSD();
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SetAtomsSteps(param);
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if (CheckArgAtomSelect(param) != 1) ErrorTemplateMSD();
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/* 選択元素が変わるとおかしくなるので元素選択は全てid */
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SetIDfromElemTtype(param);
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Allocate(&a, param->Aid[0]-1);
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f = fopen(param->infile, "r");
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/* -1の場合は全ステップでMSDを計算する */
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if (TAU == -1) {
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TAU = param->steps;
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TAU_SHIFT = param->steps;
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}
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/* 分率座標のデータを全ステップで取得する */
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printf("Loading data...\n");
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for (i=0; i<param->steps; i++){
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GetData(f, param, &head, &a, NULL, NULL);
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}
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/* msdの計算 r, a, b, c*/
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for (p=0; p+TAU <= param->steps; p=p+TAU_SHIFT){
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printf("TemplateMSD step range: from %d to %d\n", p, p+TAU);
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for (i=0; i<TAU; i++){
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for (j=0; j<a.atoms; j++){
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}
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}
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step_counter++;
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}
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if (step_counter == 0){
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printf("--tau is too long, can not calculate TemplateMSD!!!\n");
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exit(0);
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}
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OutputTemplateMSD(param);
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}
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