takahiro/dump2sq
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Takahiro OHKUBO
2023-04-23 14:57:52 +09:00
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commit 50055f387e
3 changed files with 89 additions and 152 deletions
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+88 -111
View File
@@ -3,14 +3,14 @@
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<head>
<!-- 2022-08-31 水 19:16 -->
<!-- 2023-04-23 日 14:57 -->
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<title>dump2sq</title>
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<meta name="author" content="大窪 貴洋" />
<style type="text/css">
<!--/*--><![CDATA[/*><!--*/
<meta name="generator" content="Org Mode" />
<style>
#content { max-width: 60em; margin: auto; }
.title { text-align: center;
margin-bottom: .2em; }
.subtitle { text-align: center;
@@ -31,8 +31,9 @@
#postamble p, #preamble p { font-size: 90%; margin: .2em; }
p.verse { margin-left: 3%; }
pre {
border: 1px solid #ccc;
box-shadow: 3px 3px 3px #eee;
border: 1px solid #e6e6e6;
border-radius: 3px;
background-color: #f2f2f2;
padding: 8pt;
font-family: monospace;
overflow: auto;
@@ -41,21 +42,21 @@
pre.src {
position: relative;
overflow: auto;
padding-top: 1.2em;
}
pre.src:before {
display: none;
position: absolute;
background-color: white;
top: -10px;
right: 10px;
top: -8px;
right: 12px;
padding: 3px;
border: 1px solid black;
color: #555;
background-color: #f2f2f299;
}
pre.src:hover:before { display: inline; margin-top: 14px;}
/* Languages per Org manual */
pre.src-asymptote:before { content: 'Asymptote'; }
pre.src-awk:before { content: 'Awk'; }
pre.src-authinfo::before { content: 'Authinfo'; }
pre.src-C:before { content: 'C'; }
/* pre.src-C++ doesn't work in CSS */
pre.src-clojure:before { content: 'Clojure'; }
@@ -190,37 +191,14 @@
{ font-size: 10px; font-weight: bold; white-space: nowrap; }
.org-info-js_search-highlight
{ background-color: #ffff00; color: #000000; font-weight: bold; }
.org-svg { width: 90%; }
/*]]>*/-->
.org-svg { }
</style>
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<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
<script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="https://fniessen.github.io/org-html-themes/src/lib/js/jquery.stickytableheaders.min.js"></script>
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<script type="text/javascript">
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<!--/*--><![CDATA[/*><!--*/
function CodeHighlightOn(elem, id)
{
var target = document.getElementById(id);
if(null != target) {
elem.classList.add("code-highlighted");
target.classList.add("code-highlighted");
}
}
function CodeHighlightOff(elem, id)
{
var target = document.getElementById(id);
if(null != target) {
elem.classList.remove("code-highlighted");
target.classList.remove("code-highlighted");
}
}
/*]]>*///-->
// @license-end
</script>
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<script type="text/x-mathjax-config">
MathJax.Hub.Config({
displayAlign: "center",
@@ -241,37 +219,36 @@
}
});
</script>
<script type="text/javascript"
src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/mathjax/2.7.0/MathJax.js?config=TeX-AMS_HTML"></script>
<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/mathjax/2.7.0/MathJax.js?config=TeX-AMS_HTML"></script>
</head>
<body>
<div id="content">
<div id="content" class="content">
<h1 class="title">dump2sq</h1>
<div id="table-of-contents">
<div id="table-of-contents" role="doc-toc">
<h2>Table of Contents</h2>
<div id="text-table-of-contents">
<div id="text-table-of-contents" role="doc-toc">
<ul>
<li><a href="#orgeb837bb">はじめに</a></li>
<li><a href="#orge530adf">入力ファイル</a>
<li><a href="#org43fc4a9">はじめに</a></li>
<li><a href="#orgbfe6519">入力ファイル</a>
<ul>
<li><a href="#org6c95ed4">LAMMPS</a></li>
<li><a href="#orgcf443dd">XYZ</a></li>
<li><a href="#org92143b8">LAMMPS</a></li>
<li><a href="#org46a939b">XYZ</a></li>
</ul>
</li>
<li><a href="#org552aa9b">出力ファイル</a>
<li><a href="#orgaa87222">出力ファイル</a>
<ul>
<li><a href="#org8f480d7">積算配位数</a></li>
<li><a href="#org71f4deb">動径分布関数</a></li>
<li><a href="#org04b4e35">構造因子</a></li>
<li><a href="#orgc6deece">原子散乱因子と中性子散乱長</a></li>
<li><a href="#org4bbc8de">積算配位数</a></li>
<li><a href="#orgb1c1caa">動径分布関数</a></li>
<li><a href="#org1aa9b90">構造因子</a></li>
<li><a href="#org73ec849">原子散乱因子と中性子散乱長</a></li>
</ul>
</li>
<li><a href="#org822ec7b">インストール</a></li>
<li><a href="#orgacb531f">使い方</a></li>
<li><a href="#org2bf0441">misc</a>
<li><a href="#org2fd5e8e">インストール</a></li>
<li><a href="#org101ea22">使い方</a></li>
<li><a href="#orgf466f82">misc</a>
<ul>
<li><a href="#org021e9c0">coeffploter.py</a></li>
<li><a href="#org21eefca">gr2sq.py</a></li>
<li><a href="#orgfdc1020">coeffploter.py</a></li>
<li><a href="#orgda5455e">gr2sq.py</a></li>
</ul>
</li>
</ul>
@@ -281,9 +258,9 @@
<br />
</p>
<div id="outline-container-orgeb837bb" class="outline-2">
<h2 id="orgeb837bb">はじめに</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-orgeb837bb">
<div id="outline-container-org43fc4a9" class="outline-2">
<h2 id="org43fc4a9">はじめに</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org43fc4a9">
<p>
複数の時間ステップからなる時間ステップの構造データから、動径分布関数
\(g(r)\) 、積算配位数 \(CN(r)\) 、構造因子 \(S(Q)\) を計算するプログラムです。
@@ -306,16 +283,16 @@ Triclinicなセルでも計算できます。原子ペア毎の\(S(Q)\) を計
</div>
</div>
<div id="outline-container-orge530adf" class="outline-2">
<h2 id="orge530adf">入力ファイル</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-orge530adf">
<div id="outline-container-orgbfe6519" class="outline-2">
<h2 id="orgbfe6519">入力ファイル</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-orgbfe6519">
<p>
拡張子で入力ファイルのformatを判断しています。
</p>
</div>
<div id="outline-container-org6c95ed4" class="outline-3">
<h3 id="org6c95ed4">LAMMPS</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org6c95ed4">
<div id="outline-container-org92143b8" class="outline-3">
<h3 id="org92143b8">LAMMPS</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org92143b8">
<p>
dumpコマンドで生成したファイルで、拡張子は.trajectryです。1ス
テップ目で原子のならび決めて、2ステップ目以降は、同じ原子の並びとし
@@ -324,22 +301,22 @@ dumpコマンドで生成したファイルで、拡張子は.trajectryです。
のため、以下のようにdumpとdump_modifyで元素記号の出力し、idでsortし
ておく必要があります。
</p>
<pre class="example" id="org88f2c0e">
<pre class="example" id="org3682e1f">
dump 1 all custom 10 hoge.lammpstrj id type element x y z
dump_modify 1 element Si O sort id
</pre>
</div>
</div>
<div id="outline-container-orgcf443dd" class="outline-3">
<h3 id="orgcf443dd">XYZ</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-orgcf443dd">
<div id="outline-container-org46a939b" class="outline-3">
<h3 id="org46a939b">XYZ</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org46a939b">
<p>
xyz形式で、拡張子は.xyzまたは.10です。す。1行目に原子数、2行目に
Step数と、格子定数を記述しておきます。alpha, beta, gammaがない場合
は、90, 90, 90とします。3行目以降にデータがならびます。2ステップ目
以降も同じ形式でデータを並べます。
</p>
<pre class="example" id="org334c727">
<pre class="example" id="org29c0781">
420
Step 225837 18.4116484 18.4116484 18.4116484 90 90 90
Si 10.560073 17.438902 6.614775
@@ -353,41 +330,41 @@ O 17.812448 0.110128 0.3462461
</div>
<div id="outline-container-org552aa9b" class="outline-2">
<h2 id="org552aa9b">出力ファイル</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org552aa9b">
<div id="outline-container-orgaa87222" class="outline-2">
<h2 id="orgaa87222">出力ファイル</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-orgaa87222">
<p>
4つのファイルに拡張子を追加して出力します。basenameは、指定しなけれ
ば、インプットファイルと同じになります。
</p>
</div>
<div id="outline-container-org8f480d7" class="outline-3">
<h3 id="org8f480d7">積算配位数</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org8f480d7">
<div id="outline-container-org4bbc8de" class="outline-3">
<h3 id="org4bbc8de">積算配位数</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org4bbc8de">
<p>
拡張子はcnです。原子ペア毎の \(CN(r)\) が保存されています。
</p>
</div>
</div>
<div id="outline-container-org71f4deb" class="outline-3">
<h3 id="org71f4deb">動径分布関数</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org71f4deb">
<div id="outline-container-orgb1c1caa" class="outline-3">
<h3 id="orgb1c1caa">動径分布関数</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-orgb1c1caa">
<p>
拡張子はgrです。原子ペア毎の \(g(r)\) と全原子 \(G(r)\) が保存されています。
</p>
</div>
</div>
<div id="outline-container-org04b4e35" class="outline-3">
<h3 id="org04b4e35">構造因子</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org04b4e35">
<div id="outline-container-org1aa9b90" class="outline-3">
<h3 id="org1aa9b90">構造因子</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org1aa9b90">
<p>
拡張子はsqです。原子ペア毎の \(S(Q)\) とX線と中性子で観測される \(S(Q)\) が保存されています。
</p>
</div>
</div>
<div id="outline-container-orgc6deece" class="outline-3">
<h3 id="orgc6deece">原子散乱因子と中性子散乱長</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-orgc6deece">
<div id="outline-container-org73ec849" class="outline-3">
<h3 id="org73ec849">原子散乱因子と中性子散乱長</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org73ec849">
<p>
拡張子はcoeffです。中性子散乱長と原子散乱因子を出力します。原子散乱
因子は、<a href="https://www.szfki.hu/~nphys/rmc++/downloads.html">xcoeff.f</a>から抽出しています。中性子散乱長は、<a href="https://www.ncnr.nist.gov/resources/n-lengths/">NIST</a>のデータを
@@ -397,9 +374,9 @@ O 17.812448 0.110128 0.3462461
</div>
</div>
<div id="outline-container-org822ec7b" class="outline-2">
<h2 id="org822ec7b">インストール</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org822ec7b">
<div id="outline-container-org2fd5e8e" class="outline-2">
<h2 id="org2fd5e8e">インストール</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org2fd5e8e">
<p>
プログラムはCで作成しています。Cのコンパイラを準備してmakeしてください。
ダウンロードして単にmakeしてください。
@@ -409,25 +386,25 @@ O 17.812448 0.110128 0.3462461
<a href="dump2sq-1.0.tar.gz">dump2sq-1.0.tar.gz</a>
</p>
<pre class="example" id="org7d80d2a">
<pre class="example" id="org7f02d9b">
make
</pre>
</div>
</div>
<div id="outline-container-orgacb531f" class="outline-2">
<h2 id="orgacb531f">使い方</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-orgacb531f">
<div id="outline-container-org101ea22" class="outline-2">
<h2 id="org101ea22">使い方</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org101ea22">
<p>
並列計算のために、環境変数をセットしてスレッド数を指定しておく。
</p>
<pre class="example" id="org04f1aac">
<pre class="example" id="orga6c3daf">
export OMP_NUM_THREADS=4
</pre>
<p>
example以下のglass.lammpstrjを引数で渡して実行してみます。
</p>
<pre class="example" id="org58222f0">
<pre class="example" id="org75e677e">
dump2sq example/glass.lammpstrj
</pre>
<p>
@@ -435,7 +412,7 @@ dump2sq example/glass.lammpstrj
さの半分としています。プログラムが実行されると、次のように出力されて、
4つのファイルが出力されます。
</p>
<pre class="example" id="org53f3b1c">
<pre class="example" id="org3066764">
basename: example/glass
Maximum cell length = 17.284100
Rmax = 8.642050
@@ -464,7 +441,7 @@ example/glass.sq was generated.
値です。GRmaxは、セルサイズを超えても計算できますが、物理的な意味は
ないでしょう。
</p>
<pre class="example" id="org7cf8256">
<pre class="example" id="orgfe36c9f">
./dump2sq -h
usage: dump2sq [options] inputfile
inputfile format
@@ -484,22 +461,22 @@ options:
</div>
</div>
<div id="outline-container-org2bf0441" class="outline-2">
<h2 id="org2bf0441">misc</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org2bf0441">
<div id="outline-container-orgf466f82" class="outline-2">
<h2 id="orgf466f82">misc</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-orgf466f82">
</div>
<div id="outline-container-org021e9c0" class="outline-3">
<h3 id="org021e9c0">coeffploter.py</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org021e9c0">
<div id="outline-container-orgfdc1020" class="outline-3">
<h3 id="orgfdc1020">coeffploter.py</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-orgfdc1020">
<p>
元素を指定して、原子散乱因子と中性子散乱長をプロットする。
</p>
</div>
</div>
<div id="outline-container-org21eefca" class="outline-3">
<h3 id="org21eefca">gr2sq.py</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org21eefca">
<div id="outline-container-orgda5455e" class="outline-3">
<h3 id="orgda5455e">gr2sq.py</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-orgda5455e">
<p>
Qの刻みを変えて再計算するために、dump2sqで生成したgrファイルから
S(Q)を計算しなおす。結晶のパターンを計算するために、\(2\theta\) で\(Q\)
@@ -515,8 +492,8 @@ defaultで波長は、CuのK alpha線の1.54183 Åとしている。
</div>
<div id="postamble" class="status">
<p class="author">Author: 大窪 貴洋</p>
<p class="date">Created: 2022-08-31 水 19:16</p>
<p class="date">Created: 2023-04-23 日 14:57</p>
<p class="validation"><a href="https://validator.w3.org/check?uri=referer">Validate</a></p>
</div>
</body>
</html>
</html>