From adbd2332c251962436aa4411a00eaa51a835b7c7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Takahiro OHKUBO Date: Sat, 12 Mar 2022 19:18:46 +0900 Subject: [PATCH] modified Readme.org --- Readme.org | 19 ++++++++++--------- 1 file changed, 10 insertions(+), 9 deletions(-) diff --git a/Readme.org b/Readme.org index a453a5f..5294be8 100644 --- a/Readme.org +++ b/Readme.org @@ -32,20 +32,21 @@ https://www.cmu.edu/biolphys/deserno/pdf/gr_periodic.pdf * 入力ファイル 拡張子で入力ファイルのformatを判断しています。 ** LAMMPS - dumpコマンドで生成したtrajectryファイルです。1ステップ目で原子のな - らび決めて、2ステップ目以降は、同じ原子の並びとして計算しています。 - 時間ステップで原子の並びが変わると、正しい結果にならないので注意し - てください。データの並びを決め打ちしています。そのため、以下のよう - にdumpとdump_modifyで元素記号の出力し、idでsortしておく必要がありま - す。 + dumpコマンドで生成したファイルで、拡張子は.trajectryです。1ス + テップ目で原子のならび決めて、2ステップ目以降は、同じ原子の並びとし + て計算しています。時間ステップで原子の並びが変わると、正しい結果に + ならないので注意してください。データの並びを決め打ちしています。そ + のため、以下のようにdumpとdump_modifyで元素記号の出力し、idでsortし + ておく必要があります。 #+begin_example dump 1 all custom 10 hoge.lammpstrj id type element x y z dump_modify 1 element Si O sort id #+end_example ** XYZ - xyz形式です。1行目に原子数、2行目にStep数と、格子定数を記述しておき - ます。alpha, beta, gammaがない場合は、90, 90, 90とします。3行目以降 - にデータがならびます。2ステップ目以降も同じ形式でデータを並べます。 + xyz形式で、拡張子は.xyzまたは.10です。す。1行目に原子数、2行目に + Step数と、格子定数を記述しておきます。alpha, beta, gammaがない場合 + は、90, 90, 90とします。3行目以降にデータがならびます。2ステップ目 + 以降も同じ形式でデータを並べます。 #+begin_example 420 Step 225837 18.4116484 18.4116484 18.4116484 90 90 90