modified dump2sq, iccの-qopenmpでTHREAD>1でS(Q)がおかしい。調査中
This commit is contained in:
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-8
@@ -26,8 +26,7 @@ https://www.cmu.edu/biolphys/deserno/pdf/gr_periodic.pdf
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1ステップ毎に$g(r)$ と$S(Q)$ を計算して最後に時間平均しています。よっ
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て、NPT計算でセルサイズが変わったとしても問題なく計算できます。計算コ
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ストのほとんどは、原子間距離の計算です。この計算はopenmpで並列化してい
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ます。
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ストのほとんどは、原子間距離の計算です。
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* 入力ファイル
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拡張子で入力ファイルのformatを判断しています。
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@@ -78,15 +77,17 @@ https://www.cmu.edu/biolphys/deserno/pdf/gr_periodic.pdf
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[[file:dump2sq-1.0.tar.gz][dump2sq-1.0.tar.gz]]
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#+begin_example
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make
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#+end_example
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icc用のMakefileも準備しています。
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#+begin_example
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make -f Makefile.icc
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#+end_example
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これで、dump2sqが生成されます。
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# iccでOMT_NUM_THREAD > 1にすると、S(Q)がおかしくなる。g(r)は正しいのに…。
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# 原因不明。Threadは1にしとく。
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# icc用のMakefileも準備しています。
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# #+begin_example
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# make -f Makefile.icc
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# #+end_example
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# これで、dump2sqが生成されます。
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* 使い方
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並列計算のために、環境変数をセットしてスレッド数を指定しておく。
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