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<!-- 2024-09-20 金 17:05 -->
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<title>xls2ternary.py</title>
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<meta name="author" content="大窪 貴洋 (千葉大院工) ohkubo.takahiro@faculty.chiba-u.jp" />
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<style>
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#content { max-width: 60em; margin: auto; }
|
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.title { text-align: center;
|
|
margin-bottom: .2em; }
|
|
.subtitle { text-align: center;
|
|
font-size: medium;
|
|
font-weight: bold;
|
|
margin-top:0; }
|
|
.todo { font-family: monospace; color: red; }
|
|
.done { font-family: monospace; color: green; }
|
|
.priority { font-family: monospace; color: orange; }
|
|
.tag { background-color: #eee; font-family: monospace;
|
|
padding: 2px; font-size: 80%; font-weight: normal; }
|
|
.timestamp { color: #bebebe; }
|
|
.timestamp-kwd { color: #5f9ea0; }
|
|
.org-right { margin-left: auto; margin-right: 0px; text-align: right; }
|
|
.org-left { margin-left: 0px; margin-right: auto; text-align: left; }
|
|
.org-center { margin-left: auto; margin-right: auto; text-align: center; }
|
|
.underline { text-decoration: underline; }
|
|
#postamble p, #preamble p { font-size: 90%; margin: .2em; }
|
|
p.verse { margin-left: 3%; }
|
|
pre {
|
|
border: 1px solid #e6e6e6;
|
|
border-radius: 3px;
|
|
background-color: #f2f2f2;
|
|
padding: 8pt;
|
|
font-family: monospace;
|
|
overflow: auto;
|
|
margin: 1.2em;
|
|
}
|
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pre.src {
|
|
position: relative;
|
|
overflow: auto;
|
|
}
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pre.src:before {
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display: none;
|
|
position: absolute;
|
|
top: -8px;
|
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right: 12px;
|
|
padding: 3px;
|
|
color: #555;
|
|
background-color: #f2f2f299;
|
|
}
|
|
pre.src:hover:before { display: inline; margin-top: 14px;}
|
|
/* Languages per Org manual */
|
|
pre.src-asymptote:before { content: 'Asymptote'; }
|
|
pre.src-awk:before { content: 'Awk'; }
|
|
pre.src-authinfo::before { content: 'Authinfo'; }
|
|
pre.src-C:before { content: 'C'; }
|
|
/* pre.src-C++ doesn't work in CSS */
|
|
pre.src-clojure:before { content: 'Clojure'; }
|
|
pre.src-css:before { content: 'CSS'; }
|
|
pre.src-D:before { content: 'D'; }
|
|
pre.src-ditaa:before { content: 'ditaa'; }
|
|
pre.src-dot:before { content: 'Graphviz'; }
|
|
pre.src-calc:before { content: 'Emacs Calc'; }
|
|
pre.src-emacs-lisp:before { content: 'Emacs Lisp'; }
|
|
pre.src-fortran:before { content: 'Fortran'; }
|
|
pre.src-gnuplot:before { content: 'gnuplot'; }
|
|
pre.src-haskell:before { content: 'Haskell'; }
|
|
pre.src-hledger:before { content: 'hledger'; }
|
|
pre.src-java:before { content: 'Java'; }
|
|
pre.src-js:before { content: 'Javascript'; }
|
|
pre.src-latex:before { content: 'LaTeX'; }
|
|
pre.src-ledger:before { content: 'Ledger'; }
|
|
pre.src-lisp:before { content: 'Lisp'; }
|
|
pre.src-lilypond:before { content: 'Lilypond'; }
|
|
pre.src-lua:before { content: 'Lua'; }
|
|
pre.src-matlab:before { content: 'MATLAB'; }
|
|
pre.src-mscgen:before { content: 'Mscgen'; }
|
|
pre.src-ocaml:before { content: 'Objective Caml'; }
|
|
pre.src-octave:before { content: 'Octave'; }
|
|
pre.src-org:before { content: 'Org mode'; }
|
|
pre.src-oz:before { content: 'OZ'; }
|
|
pre.src-plantuml:before { content: 'Plantuml'; }
|
|
pre.src-processing:before { content: 'Processing.js'; }
|
|
pre.src-python:before { content: 'Python'; }
|
|
pre.src-R:before { content: 'R'; }
|
|
pre.src-ruby:before { content: 'Ruby'; }
|
|
pre.src-sass:before { content: 'Sass'; }
|
|
pre.src-scheme:before { content: 'Scheme'; }
|
|
pre.src-screen:before { content: 'Gnu Screen'; }
|
|
pre.src-sed:before { content: 'Sed'; }
|
|
pre.src-sh:before { content: 'shell'; }
|
|
pre.src-sql:before { content: 'SQL'; }
|
|
pre.src-sqlite:before { content: 'SQLite'; }
|
|
/* additional languages in org.el's org-babel-load-languages alist */
|
|
pre.src-forth:before { content: 'Forth'; }
|
|
pre.src-io:before { content: 'IO'; }
|
|
pre.src-J:before { content: 'J'; }
|
|
pre.src-makefile:before { content: 'Makefile'; }
|
|
pre.src-maxima:before { content: 'Maxima'; }
|
|
pre.src-perl:before { content: 'Perl'; }
|
|
pre.src-picolisp:before { content: 'Pico Lisp'; }
|
|
pre.src-scala:before { content: 'Scala'; }
|
|
pre.src-shell:before { content: 'Shell Script'; }
|
|
pre.src-ebnf2ps:before { content: 'ebfn2ps'; }
|
|
/* additional language identifiers per "defun org-babel-execute"
|
|
in ob-*.el */
|
|
pre.src-cpp:before { content: 'C++'; }
|
|
pre.src-abc:before { content: 'ABC'; }
|
|
pre.src-coq:before { content: 'Coq'; }
|
|
pre.src-groovy:before { content: 'Groovy'; }
|
|
/* additional language identifiers from org-babel-shell-names in
|
|
ob-shell.el: ob-shell is the only babel language using a lambda to put
|
|
the execution function name together. */
|
|
pre.src-bash:before { content: 'bash'; }
|
|
pre.src-csh:before { content: 'csh'; }
|
|
pre.src-ash:before { content: 'ash'; }
|
|
pre.src-dash:before { content: 'dash'; }
|
|
pre.src-ksh:before { content: 'ksh'; }
|
|
pre.src-mksh:before { content: 'mksh'; }
|
|
pre.src-posh:before { content: 'posh'; }
|
|
/* Additional Emacs modes also supported by the LaTeX listings package */
|
|
pre.src-ada:before { content: 'Ada'; }
|
|
pre.src-asm:before { content: 'Assembler'; }
|
|
pre.src-caml:before { content: 'Caml'; }
|
|
pre.src-delphi:before { content: 'Delphi'; }
|
|
pre.src-html:before { content: 'HTML'; }
|
|
pre.src-idl:before { content: 'IDL'; }
|
|
pre.src-mercury:before { content: 'Mercury'; }
|
|
pre.src-metapost:before { content: 'MetaPost'; }
|
|
pre.src-modula-2:before { content: 'Modula-2'; }
|
|
pre.src-pascal:before { content: 'Pascal'; }
|
|
pre.src-ps:before { content: 'PostScript'; }
|
|
pre.src-prolog:before { content: 'Prolog'; }
|
|
pre.src-simula:before { content: 'Simula'; }
|
|
pre.src-tcl:before { content: 'tcl'; }
|
|
pre.src-tex:before { content: 'TeX'; }
|
|
pre.src-plain-tex:before { content: 'Plain TeX'; }
|
|
pre.src-verilog:before { content: 'Verilog'; }
|
|
pre.src-vhdl:before { content: 'VHDL'; }
|
|
pre.src-xml:before { content: 'XML'; }
|
|
pre.src-nxml:before { content: 'XML'; }
|
|
/* add a generic configuration mode; LaTeX export needs an additional
|
|
(add-to-list 'org-latex-listings-langs '(conf " ")) in .emacs */
|
|
pre.src-conf:before { content: 'Configuration File'; }
|
|
|
|
table { border-collapse:collapse; }
|
|
caption.t-above { caption-side: top; }
|
|
caption.t-bottom { caption-side: bottom; }
|
|
td, th { vertical-align:top; }
|
|
th.org-right { text-align: center; }
|
|
th.org-left { text-align: center; }
|
|
th.org-center { text-align: center; }
|
|
td.org-right { text-align: right; }
|
|
td.org-left { text-align: left; }
|
|
td.org-center { text-align: center; }
|
|
dt { font-weight: bold; }
|
|
.footpara { display: inline; }
|
|
.footdef { margin-bottom: 1em; }
|
|
.figure { padding: 1em; }
|
|
.figure p { text-align: center; }
|
|
.equation-container {
|
|
display: table;
|
|
text-align: center;
|
|
width: 100%;
|
|
}
|
|
.equation {
|
|
vertical-align: middle;
|
|
}
|
|
.equation-label {
|
|
display: table-cell;
|
|
text-align: right;
|
|
vertical-align: middle;
|
|
}
|
|
.inlinetask {
|
|
padding: 10px;
|
|
border: 2px solid gray;
|
|
margin: 10px;
|
|
background: #ffffcc;
|
|
}
|
|
#org-div-home-and-up
|
|
{ text-align: right; font-size: 70%; white-space: nowrap; }
|
|
textarea { overflow-x: auto; }
|
|
.linenr { font-size: smaller }
|
|
.code-highlighted { background-color: #ffff00; }
|
|
.org-info-js_info-navigation { border-style: none; }
|
|
#org-info-js_console-label
|
|
{ font-size: 10px; font-weight: bold; white-space: nowrap; }
|
|
.org-info-js_search-highlight
|
|
{ background-color: #ffff00; color: #000000; font-weight: bold; }
|
|
.org-svg { }
|
|
</style>
|
|
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://amorphous.tf.chiba-u.jp/org-html-themes/org/lib/css/htmlize.css"/>
|
|
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://amorphous.tf.chiba-u.jp/org-html-themes/org/lib/readtheorg.css"/>
|
|
<script src="https://amorphous.tf.chiba-u.jp/org-html-themes/org/lib/jquery.min.js"></script>
|
|
<script src="https://amorphous.tf.chiba-u.jp/org-html-themes/org/lib/bootstrap.min.js"></script>
|
|
<script type="text/javascript" src="https://amorphous.tf.chiba-u.jp/org-html-themes/org/lib/jquery.stickytableheaders.min.js"></script>
|
|
<script type="text/javascript" src="https://amorphous.tf.chiba-u.jp/org-html-themes/org/lib/readtheorg.js"></script>
|
|
</head>
|
|
<body>
|
|
<div id="content" class="content">
|
|
<h1 class="title">xls2ternary.py</h1>
|
|
<div id="table-of-contents" role="doc-toc">
|
|
<h2>目次</h2>
|
|
<div id="text-table-of-contents" role="doc-toc">
|
|
<ul>
|
|
<li><a href="#orga326fcb">更新履歴</a></li>
|
|
<li><a href="#org09fdea8">はじめに</a></li>
|
|
<li><a href="#orgb57ed52">プログラムのインストール</a></li>
|
|
<li><a href="#org870c794">プログラムの実行</a></li>
|
|
<li><a href="#org21f93b4">座標ピックアップ</a></li>
|
|
</ul>
|
|
</div>
|
|
</div>
|
|
|
|
|
|
<div id="outline-container-orga326fcb" class="outline-2">
|
|
<h2 id="orga326fcb">更新履歴</h2>
|
|
<div class="outline-text-2" id="text-orga326fcb">
|
|
<ul class="org-ul">
|
|
<li>pandasを使うようにした。<span class="timestamp-wrapper"><span class="timestamp"><2024-09-20 金></span></span></li>
|
|
</ul>
|
|
</div>
|
|
</div>
|
|
|
|
<div id="outline-container-org09fdea8" class="outline-2">
|
|
<h2 id="org09fdea8">はじめに</h2>
|
|
<div class="outline-text-2" id="text-org09fdea8">
|
|
<p>
|
|
Excelファイルから三成分系の相図をプロットするプログラムです。3成分系でガラス化範囲をプロットするために作成しました。いくつか3元プロットのライブラリが公開(<a href="https://github.com/marcharper/python-ternary">python-ternary</a> や<a href="http://home.gna.org/veusz/examples/#ternary"> Veusz</a> )されているようですが、どれもイマイチ融通が効かないため、結局自作しました。
|
|
</p>
|
|
|
|
<p>
|
|
3成分の組成とガラス化の有無(0から1で判定)のデータから、相図を作成しコンタープロットを描きます。excelでファイルを作成し、引数でプログラムに渡します。3組成のそれぞれの成分名は、ファイル中のヘッダで指定します。入力するexcelファイルは、(<a href="test.xlsx">test.xlsx</a>)を参考にしてください。3行目がヘッダデータ、3組成の成分比とガラス化の有無G/C(0から1の範囲)を列としたデータを作成します。
|
|
</p>
|
|
|
|
<p>
|
|
成分名については、latex形式で上付き下付きも指定できます。以下はB<sub>2</sub>O<sub>3</sub>の例です。
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|
</p>
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|
<pre class="example" id="orge1815a7">
|
|
${\rm B_{2}O_{3}}$
|
|
</pre>
|
|
|
|
<p>
|
|
※G/Cの列が空欄の場合、データはスキップされプロットされません。
|
|
</p>
|
|
</div>
|
|
</div>
|
|
|
|
<div id="outline-container-orgb57ed52" class="outline-2">
|
|
<h2 id="orgb57ed52">プログラムのインストール</h2>
|
|
<div class="outline-text-2" id="text-orgb57ed52">
|
|
<p>
|
|
プログラムはpython3.xで作成しているのでpython3.xを実行できる環境が必要です。matplotlibは2.0.2です。プログラム本体は<a href="xls2ternary.py">xls2ternary.py</a>です。
|
|
python3.xを<a href="https://docs.anaconda.com/miniconda/">miniconda</a>を使ってインストールしてください。numpy, matplotlib, pandasに加えてExcelファイルを読み込むためのopenpyxlが必要です。minicondaのインストールが完了したら以下のコマンドで必要なライブラリをインストールしてください。
|
|
</p>
|
|
<pre class="example" id="org371003c">
|
|
conda install numpy matplotlib pandas openpyxl
|
|
</pre>
|
|
<p>
|
|
後は、パスの通ったところに <a href="xls2ternary.py">xls2ternary.py</a> を配置すればインストールは完了です。
|
|
</p>
|
|
</div>
|
|
</div>
|
|
|
|
<div id="outline-container-org870c794" class="outline-2">
|
|
<h2 id="org870c794">プログラムの実行</h2>
|
|
<div class="outline-text-2" id="text-org870c794">
|
|
<p>
|
|
引数でexcelファイルを指定して実行します。テストデータ(<a href="test.xlsx">test.xlsx</a>)を試しにプロットしてみます。
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|
</p>
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|
<pre class="example" id="orgc6aa5f3">
|
|
xls2ternary.py test.xlsx
|
|
</pre>
|
|
<p>
|
|
次のような内容がターミナルに表示され、mol%で表示された図が得られれば正しくプログラムは動いています。
|
|
</p>
|
|
<pre class="example" id="org6613c16">
|
|
Number of data : 59
|
|
Plot header [row]: ['A' 'B' 'C'] [1, 2, 3]
|
|
G/C data [row]: G/C [4]
|
|
</pre>
|
|
|
|
|
|
<div id="org9ef9659" class="figure">
|
|
<p><a href="a.png" width="440px" alt="figure" title="titiel mame" align="center"><img src="a.png" alt="figure" width="440px" title="titiel mame" align="center" /></a>
|
|
</p>
|
|
<p><span class="figure-number">図1: </span>出力される図</p>
|
|
</div>
|
|
|
|
|
|
|
|
<p>
|
|
1列目のデータ範囲の最小値を指定できます。1列目のデータを70-100%にする場合です。また、コンタープロットの補完をlinearにしてラベルをwt%にしてみます。
|
|
</p>
|
|
<pre class="example" id="orgdbb2e05">
|
|
xls2ternary.py -xmin 70 --interp linear -xl wt% test.xlsx
|
|
</pre>
|
|
|
|
|
|
<div id="org6127e2f" class="figure">
|
|
<p><a href="b.png" width="450px" alt="figure" title="titiel mame" align="center"><img src="b.png" alt="figure" width="450px" title="titiel mame" align="center" /></a>
|
|
</p>
|
|
<p><span class="figure-number">図2: </span>1列目のデータを70から100%に拡大した図</p>
|
|
</div>
|
|
|
|
<p>
|
|
図をファイルとして保存したい場合は、画面のメニューから選んでも良いですが、-oで保存もできます。またexcelファイル中のヘッダーの行番号やデータの列番号をオプションで指定できます。
|
|
-hで指定できるオプション一覧が表示されます。以下、オプションについてもう少し説明します。
|
|
</p>
|
|
|
|
<table border="2" cellspacing="0" cellpadding="6" rules="groups" frame="hsides">
|
|
|
|
|
|
<colgroup>
|
|
<col class="org-left" />
|
|
|
|
<col class="org-left" />
|
|
|
|
<col class="org-right" />
|
|
</colgroup>
|
|
<thead>
|
|
<tr>
|
|
<th scope="col" class="org-left">オプション</th>
|
|
<th scope="col" class="org-left">内容</th>
|
|
<th scope="col" class="org-right">default</th>
|
|
</tr>
|
|
</thead>
|
|
<tbody>
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-h</td>
|
|
<td class="org-left">ヘルプを表します。</td>
|
|
<td class="org-right"> </td>
|
|
</tr>
|
|
</tbody>
|
|
<tbody>
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-si</td>
|
|
<td class="org-left">xlsファイル中のシート番号(0からはじまる)を指定します。</td>
|
|
<td class="org-right">0</td>
|
|
</tr>
|
|
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-hl</td>
|
|
<td class="org-left">xlsファイル中のヘッダが入っている行番号を指定します。</td>
|
|
<td class="org-right">3</td>
|
|
</tr>
|
|
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-m</td>
|
|
<td class="org-left">組成データを含む3つの列番号を指定します。</td>
|
|
<td class="org-right">1 2 3</td>
|
|
</tr>
|
|
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-p</td>
|
|
<td class="org-left">ガラス率(0から1の範囲)のデータを含む列を指定します。</td>
|
|
<td class="org-right">4</td>
|
|
</tr>
|
|
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-xmin</td>
|
|
<td class="org-left">1列目のデータをxminから100の範囲に変更します。</td>
|
|
<td class="org-right">0</td>
|
|
</tr>
|
|
</tbody>
|
|
<tbody>
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-o</td>
|
|
<td class="org-left">図を保存するファイル名前指定します。拡張子(pdfやpng等)で保存形式を自動判別します。</td>
|
|
<td class="org-right">None</td>
|
|
</tr>
|
|
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-xl</td>
|
|
<td class="org-left">図の下のラベルを指定します。</td>
|
|
<td class="org-right">mol%</td>
|
|
</tr>
|
|
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-g</td>
|
|
<td class="org-left">コンタープロットのために内挿するグリッドの数です。</td>
|
|
<td class="org-right">400</td>
|
|
</tr>
|
|
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-fs</td>
|
|
<td class="org-left">保存する図の大きさです。</td>
|
|
<td class="org-right">8</td>
|
|
</tr>
|
|
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-ls</td>
|
|
<td class="org-left">頂点のラベルのフォントの大きさです。</td>
|
|
<td class="org-right">16</td>
|
|
</tr>
|
|
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">-ts</td>
|
|
<td class="org-left">目盛の数字のフォントの大きさです。</td>
|
|
<td class="org-right">12</td>
|
|
</tr>
|
|
|
|
<tr>
|
|
<td class="org-left">–labeloffset</td>
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<td class="org-left">頂点のラベルの位置のオフセット位置です。</td>
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<td class="org-right">2</td>
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</tr>
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<tr>
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<td class="org-left">–tickoffset</td>
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<td class="org-left">目盛の数字の位置のオフセット位置です。</td>
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<td class="org-right">1</td>
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</tr>
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<tr>
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<td class="org-left">–colormap</td>
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<td class="org-left">コンタープロットのカラーマップです。<a href="https://matplotlib.org/examples/color/colormaps_reference.html">ここ</a> から好きなものを選べます。</td>
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<td class="org-right">bwr</td>
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</tr>
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<tr>
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<td class="org-left">–interp</td>
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<td class="org-left">コンタープロットする時の補完の方法です。[linear, cubic, nearest]から<a href="https://docs.scipy.org/doc/scipy-0.18.1/reference/generated/scipy.interpolate.griddata.html">選択</a> 。</td>
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<td class="org-right">linear</td>
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</tr>
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<tr>
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<td class="org-left">–nolegend</td>
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<td class="org-left">凡例を表示しません。</td>
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<td class="org-right"> </td>
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</tr>
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<tr>
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<td class="org-left">–nocontour</td>
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<td class="org-left">コンタープロットを表示しません。</td>
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<td class="org-right"> </td>
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</tr>
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<tr>
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<td class="org-left">–nocolorbar</td>
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<td class="org-left">カラーバーを表示しません。</td>
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<td class="org-right"> </td>
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</tr>
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</tbody>
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</table>
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</div>
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</div>
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<div id="outline-container-org21f93b4" class="outline-2">
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<h2 id="org21f93b4">座標ピックアップ</h2>
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<div class="outline-text-2" id="text-org21f93b4">
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<p>
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表示された図中でマウスのボタン(左、中、右どれでも)をクリックすれば、3
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成分の割合が以下のようにターミナルに表示されます。
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</p>
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<pre class="example" id="orgcdc33f5">
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button=1 ['B' 'C' 'A']=(24.52 51.03 24.45)
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button=1 ['B' 'C' 'A']=(24.49 44.60 30.91)
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button=1 ['B' 'C' 'A']=(45.65 26.83 27.53)
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</pre>
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</div>
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</div>
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</div>
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<div id="postamble" class="status">
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<p class="author">著者: 大窪 貴洋 (千葉大院工) ohkubo.takahiro@faculty.chiba-u.jp</p>
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<p class="date">Created: 2024-09-20 金 17:05</p>
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<p class="validation"><a href="https://validator.w3.org/check?uri=referer">Validate</a></p>
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</div>
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</body>
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</html>
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