.. toctree:: ============================= 分子構造描画プログラムVESTA ============================= 化学を学習する上で、結晶構造や分子の原子/電子構造を可視化して理解する ことは重要です。可視化することで、構造を直感的に理解できるし物質の特徴 を抽出することができます。コンピュータを自由に使えない場合は、紙面上で 原子や電子構造を描いて理解していました。現在は、誰でもコンピュータを使っ て原子や電子の構造を可視化することができます。原子や電子構造を記述する 方法は、いろなフォーマットがありますが、VESTAは、結晶構造から分子まで 多くのフォーマットを読んで三次元構造を描画することができます。Pythonで 簡単な分子構造をテキストファイルで出力させて、三次元構造を描画させるた めに、VESTAをインストールします。VESTAは日本人(門馬さん)が開発して世界 中で使われているフリーの原子構造を描画するソフトウェアです。 VESTAのインストール =================== 以下のURLに接続しダウンロードをクリックします。 http://jp-minerals.org/vesta/jp/ .. image:: 01.png :width: 400px :align: center 64bit windows用のzipファイルをダウンロードします。 http://jp-minerals.org/vesta/jp/ .. image:: 02.png :width: 400px :align: center リンクを右クリックして「名前を付けてリング先を保存」を選択します。 .. image:: 03.png :width: 400px :align: center デスクトップを選択します。 .. image:: 04.png :width: 400px :align: center ダウンロードしたzipファイルを展開します。展開場所は、default(デスクトップ)のまま展開します。 .. image:: 05.png :width: 200px :align: center zipファイルが展開されます。 .. image:: 07.png :width: 400px :align: center 展開したファイルにあるVESTA.exeが実行ファイルです。 .. image:: 08.png :width: 400px :align: center VESTAの起動 =========== :download:`Toluene.xyz <./Toluene.xyz>` を「名前を付けてリンク先を保存」からデスクトップに保存先を選びます。保存した :download:`Toluene.xyz <./Toluene.xyz>` を右クリックして、プログラムから開くを選択します。 .. image:: 10.png :width: 200px :align: center その他のアプリをクリックして、このPCで別のアプリを探すを選択します。 .. image:: 11.png :width: 200px :align: center ダウンロードして展開したVESTA.exeを選択します。 .. image:: 12.png :width: 400px :align: center VESTAでトルエンの構造が読み込まれるかと思います。 .. image:: 13.png :width: 400px :align: center なお「常にこのアプリを使って.xyzファイルを開く」にチェックを入れていれ ば、拡張子.xyzがVESTAと結びつけられるため、xyzファイルのアイコンは以下 のようになります。以後、xyzファイルをダブルクリックすれば、VESTAが起動 してファイルを開いてくれます。 .. image:: 14.png :width: 80px :align: center