千葉大学高速演算サーバ

#!/usr/bin/env python
import argparse
import subprocess as sp

par = argparse.ArgumentParser()
par.add_argument('basename')
args = par.parse_args()

com =  'ssh-keygen -f {}'.format(args.basename)
sp.run(com.split())

print("make key for putty...")
com = 'puttygen {base} -o {base}.ppk'.format(base=args.basename)
sp.run(com.split())
print("{}.ppk was created.".format(args.basename))

macやlinuxの人は、一般的なunixと同様、ssh-keygenで鍵を生成すれば良いでしょう。

ファイルのやり取り

windowsの人はwinscpを使えば良いです。puttysshの秘密鍵(*.ppk)が使えます。macや linuxの人は、scpやrsyncを使えば良いでしょう。macの人はFileZillaでgui操作できます。FileZillaで鍵の登録は、

Filezilla -> Settings -> Connection -> SFTP で "Add key file…"をクリック。
~/.sshなどの隠しディレクトリに参照する場合、"Command + Shift + G"を同時に押してパスを選択。

公開鍵の登録

ログイン先の~/.ssh/authorized_keysに作成した公開鍵をコピペしてください。

ssh接続

ホスト情報

cuhas17.imit.chiba-u.jp

$HOME/.ssh/configに「ssh imit」で接続できるように次のよう登録すれば良いでしょう。

Host imit
   User aaaa7777
   HostName cuhas17.imit.chiba-u.jp

scratchディレクトリの作成

SR24000_20180109.pdfのP.6を参照
巨大ファイル用のスクラッチディレクリの作成。30日、更新のないファイルは消される。

/usr/local/bin/mkshortdir

Gaussian

はじめに

千葉大の高速演算サーバ(SR24000)でgaussian16を実行してみます。この文章は、計算機(UNIX)の操作にあまり慣れていない人向けに書かれています。おまけで実行しやすいよう簡単なスクリプトも作成しています。またマニュアルもリンクしています。(学内からのみマニュアルとスクリプトはアクセスできます)

なお研究室で、gaussianはほとんど使わないのですが、相談を受けてこのページを作成しました。

gaussianの実行

SR24000_20180109.pdfのP.10を参照
studentと教員でコマンドが異なる
exampleは以下に配置されている。

/usr/local/g16/tests/com/

インタラクティブ実行

CPU制限が1hでメモリの上限が8Gbyteです。

SR24000_20180109.pdfのP.10

export GAUSS_SCRDIR=/short/c6619606
source /usr/local/g16/bsd/g16.profile
/usr/local/g16/g16 < input.com

queing

時間指定のスケジューリングはなさそう

SR24000_20180109.pdfのP.12を参照
R1 多重度30, 20 core, 8h
R2 多重度8, 40 core, 24h

submit

howtouse.pdfのP.23を参照
サンプルsubmit.csh

#!/bin/csh -f
#@class = R1
#@resources = ConsumableCpus(20) 
#@output = $(jobid).out
#@error = $(jobid).err
#@notify_user = ohkubo.takahiro@faculty.chiba-u.jp
#@notification = always
#@queue

setenv OMP_NUM_THREADS 20
setenv GAUSS_SCRDIR /short/c6619606
setenv g16root /usr/local
source $g16root/g16/bsd/g16.login
/usr/local/g16/g16 < input.data >& output

コマンド　

キュー操作のコマンド3つ。

llsubmit (jobの投入)
llq (jobの確認)
llcancel (jobの削除)

その他

.bashrcの例です。

export TERM=vt100
export LANG=C
export LC_ALL=C

export PATH=/opt/freeware/bin/:$PATH
export PATH=/opt/IBM/xlf/15.1.0/bin:$PATH
export PATH=$HOME/bin:$PATH
export PS1="\u@sr26k[\w] "
alias ls='ls -F --color'
alias less='less -fr'
alias vi="vim"
alias make="gmake"

chkからfchkの生成, formchk

https://www.hpc.co.jp/gaussian_help/u_formchk.htm

fchkからcubeの生成, cubegen

https://www.hpc.co.jp/gaussian_help/u_cubegen.htm

自作シェルスクリプト

実行しやすいよう簡単なシェルスクリプトを作りました。UNIX使えない人にはインストールがきついので、imit上でダウンロードさせてインストールできるように変更予定。

chk2cube

chkからcubeファイルを生成するもの。formchkとcubegenを呼び出す簡単なものです。

run_g16

バッチではなく、フォアでとりあず実行するためのもの。

run_g16 input.com | tee input.log

submit_g16

submitスクリプト生成するプログラム。defaultで大窪にメールするようになっているので、変更すること。-rでキューを選べる。

submit_g16 hoge.com

これでhoge.shが生成されるので、llsubmitします。

llsubmit hoge.sh

defaultでR2のキューに投入するスクリプトを生成します。-rでR1キューの変更できます。

llsubmit -r R1 hoge.sh