first commit, Readme.html更新して、git管理することにした。

2023-05-26 20:13:05 +09:00
commit ce85e3907f
26 changed files with 158505 additions and 0 deletions
@@ -0,0 +1,77 @@
+#include "dump2analysis.h"
+/* -m template_msd */
+/* lammpstrjから指定した原子の平均二乗変位(MSD)を時間シフトしながら計算する */
+/* 原子タイプで指定しても最初のステップのidで原子を選択する */
+/* --shfitと--tauを小さくすればMSDの統計が稼げる。ただしシフトが小さすぎるMSDが変化する。 */
+/* --shiftでMSDが変わらないようパラメータを調整する。 */
+/* 教科書Pを参照 */
+/* A原子(-a, -x, -s)を指定する。 */
+/* --shiftはMSDを計算する時にシフトさせるステップ default:1 */
+/* --tauはMSDを計算する時間ステップ範囲。-1でMDの全ステップでMSDを計算する default:-1 */
+/* --dtはMDの時間ステップでの時間(fs単位) default:1.0 */
+
+void ErrorTemplateMSD(){
+  printf("Required arguments atoms A\n");
+  printf("(-a, -x, -s) atom A\n");
+  printf("------------------------------------------------------------\n");
+  printf("Optional arguments for TemplateMSD analysis:\n");
+  printf("--shift time shift for TemplateMSD                [1]\n");
+  printf("--tau time period for TemplateMSD (-1: all steps  [-1]\n");
+  printf("--dt time period for one step (fs)        [1.0]\n");
+  printf("------------------------------------------------------------\n");  
+  printf("Example:\n");
+  printf("dump2analysis -m msd -x Li --dt 1.2 --tau 2500 --shift 100 -i hoge.lammpstrj -o hoge.msd\n");
+  exit(0);
+}
+
+void OutputTemplateMSD(PARAM *p){
+  FILE *f;
+
+  f = fopen(p->outfile, "w");
+  fclose(f);
+
+}
+
+void EstimateTemplateMSD(PARAM *param){
+  int i, j, p, step_counter=0;
+  FILE *f;
+  HEAD head;
+  ATOMS a;
+
+  if (ArgCheckInputOutput(param) != 0) ErrorTemplateMSD();
+  SetAtomsSteps(param);
+  if (CheckArgAtomSelect(param) != 1) ErrorTemplateMSD();
+
+  /* 選択元素が変わるとおかしくなるので元素選択は全てid */
+  SetIDfromElemTtype(param);
+  Allocate(&a, param->Aid[0]-1);
+  f = fopen(param->infile, "r");
+
+  /* -1の場合は全ステップでMSDを計算する */  
+  if (TAU == -1) {
+    TAU = param->steps;
+    TAU_SHIFT = param->steps;
+  }
+  
+  /* 分率座標のデータを全ステップで取得する */
+  printf("Loading data...\n");
+  for (i=0; i<param->steps; i++){
+    GetData(f, param, &head, &a, NULL, NULL);
+  }
+  
+  /* msdの計算 r, a, b, c*/
+  for (p=0; p+TAU <= param->steps; p=p+TAU_SHIFT){
+    printf("TemplateMSD step range: from %d to %d\n", p, p+TAU);
+    for (i=0; i<TAU; i++){
+      for (j=0; j<a.atoms; j++){
+      }
+    }
+    step_counter++;
+  }
+  if (step_counter == 0){
+    printf("--tau is too long, can not calculate TemplateMSD!!!\n");
+    exit(0);
+  }
+
+  OutputTemplateMSD(param);
+}