100 lines
3.1 KiB
C
100 lines
3.1 KiB
C
#include "dump2analysis.h"
|
|
/* DOCUMENT */
|
|
/* -m cube_radius */
|
|
/* lammpstrjから指定した原子を有限のサイズを考慮してグリッドデータ(cubeファイル)を作成する。 */
|
|
/* cubeファイルは、VESTAやVMDでisosurfaceやvolumes urfaceで可視化できる。 */
|
|
/* cubeファイル中での指定以外の原子座標は、全ステップの平均値とする */
|
|
/* 基本的に1種類の原子によるグリッドデータのみを想定している */
|
|
|
|
void ErrorCube_Radius(){
|
|
printf("Required arguments atoms A\n");
|
|
printf("(-a, -x, -s) atom A\n");
|
|
printf("------------------------------------------------------------\n");
|
|
printf("Optional arguments for cube analysis:\n");
|
|
printf("--nx numebr boxcel on X [100]\n");
|
|
printf("--ny numebr boxcel on X [100]\n");
|
|
printf("--nz numebr boxcel on X [100]\n");
|
|
printf("--radius atomic radius [0.7]\n");
|
|
printf("------------------------------------------------------------\n");
|
|
printf("Example:\n");
|
|
printf("dump2analysis -m cube_radius -x Li --radius 0.7 -i hoge.lammpstrj -o hoge.cube\n");
|
|
exit(0);
|
|
}
|
|
|
|
void EstimateCube_Radius(PARAM *param){
|
|
int i, j, k;
|
|
int ix, iy, iz;
|
|
FILE *f;
|
|
HEAD head;
|
|
ATOMS a;
|
|
double ***rho;
|
|
double da, db, dc;
|
|
double r, x, y, z, xp, yp, zp;
|
|
double dx, dy, dz;
|
|
|
|
/* メモリ確保 */
|
|
rho = malloc(sizeof(double**) * NZ);
|
|
for (i=0; i<NZ; i++) rho[i] = malloc(sizeof(double*) * NY);
|
|
for (i=0; i<NZ; i++){
|
|
for (j=0; j<NY; j++) rho[i][j] = malloc(sizeof(double*) * NX);
|
|
}
|
|
/* 初期化 */
|
|
for (i=0; i<NZ; i++){
|
|
for (j=0; j<NY; j++){
|
|
for (k=0; k<NX; k++){
|
|
rho[i][j][k] = 0.0;
|
|
}
|
|
}
|
|
}
|
|
|
|
/* エラーのチェック */
|
|
if (ArgCheckInputOutput(param) != 0) ErrorCube_Radius();
|
|
SetAtomsSteps(param);
|
|
/* 1: A原子以外も指定している */
|
|
if (CheckArgAtomSelect(param) != 1) ErrorCube_Radius();
|
|
|
|
/* 原子数を与えての構造体のメモリ確保 */
|
|
Allocate(&a, param->atoms);
|
|
|
|
/* ファイルオープン */
|
|
f = fopen(param->infile, "r");
|
|
|
|
/* ステップ毎にデータを取得する */
|
|
da = 1.0/(double)NX;
|
|
db = 1.0/(double)NY;
|
|
dc = 1.0/(double)NZ;
|
|
for (i=0; i<param->steps; i++){
|
|
GetData(f, param, &head, &a, NULL, NULL);
|
|
for (j=0; j<a.atoms; j++){
|
|
/* voxelの中心点と原子の距離を探すloop */
|
|
for (ix=0; ix<NX; ix++){
|
|
for (iy=0; iy<NY; iy++){
|
|
for (iz=0; iz<NZ; iz++){
|
|
xp = ix*da + 0.5*da;
|
|
yp = iy*db + 0.5*db;
|
|
zp = iz*dc + 0.5*dc;
|
|
dx = a.x[j] - xp;
|
|
dy = a.y[j] - yp;
|
|
dz = a.z[j] - zp;
|
|
dx = dx - rint(dx);
|
|
dy = dy - rint(dy);
|
|
dz = dz - rint(dz);
|
|
/* 絶対座標に変換 */
|
|
x = dx*head.A[0][0] + dy*head.A[1][0] + dz*head.A[2][0];
|
|
y = dx*head.A[0][1] + dy*head.A[1][1] + dz*head.A[2][1];
|
|
z = dx*head.A[0][2] + dy*head.A[1][2] + dz*head.A[2][2];
|
|
r = sqrt(x*x + y*y + z*z);
|
|
if (r < RADIUS) rho[iz][iy][ix] += 1.0;
|
|
}
|
|
}
|
|
}
|
|
}
|
|
printf("step: %d\r", i);
|
|
fflush(stdout);
|
|
}
|
|
printf("\n");
|
|
fclose(f);
|
|
|
|
OutputCube(param, rho);
|
|
}
|