takahiro/dump2sq
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modified output.c to increase float number

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大窪 貴洋
2022-08-31 19:16:58 +09:00
parent 9d446f1d61
commit 3a632914b9
4 changed files with 97 additions and 76 deletions
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Readme.html
+72 -66
View File
@@ -3,7 +3,7 @@
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en" xml:lang="en">
<head>
<!-- 2022-08-31 水 19:04 -->
<!-- 2022-08-31 水 19:16 -->
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" />
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
<title>dump2sq</title>
@@ -251,27 +251,27 @@
<h2>Table of Contents</h2>
<div id="text-table-of-contents">
<ul>
<li><a href="#org76c8c19">はじめに</a></li>
<li><a href="#org3646915">入力ファイル</a>
<li><a href="#orgeb837bb">はじめに</a></li>
<li><a href="#orge530adf">入力ファイル</a>
<ul>
<li><a href="#org29f6517">LAMMPS</a></li>
<li><a href="#org8b634bb">XYZ</a></li>
<li><a href="#org6c95ed4">LAMMPS</a></li>
<li><a href="#orgcf443dd">XYZ</a></li>
</ul>
</li>
<li><a href="#org39f07e8">出力ファイル</a>
<li><a href="#org552aa9b">出力ファイル</a>
<ul>
<li><a href="#orgd46ce4e">積算配位数</a></li>
<li><a href="#org0c47f5e">動径分布関数</a></li>
<li><a href="#org3650f5e">構造因子</a></li>
<li><a href="#org5ea7d6f">原子散乱因子と中性子散乱長</a></li>
<li><a href="#org8f480d7">積算配位数</a></li>
<li><a href="#org71f4deb">動径分布関数</a></li>
<li><a href="#org04b4e35">構造因子</a></li>
<li><a href="#orgc6deece">原子散乱因子と中性子散乱長</a></li>
</ul>
</li>
<li><a href="#org34fb617">インストール</a></li>
<li><a href="#org0e462aa">使い方</a></li>
<li><a href="#org5bf6dd9">misc</a>
<li><a href="#org822ec7b">インストール</a></li>
<li><a href="#orgacb531f">使い方</a></li>
<li><a href="#org2bf0441">misc</a>
<ul>
<li><a href="#org8da4ec6">coeffploter.py</a></li>
<li><a href="#orgbc8b4dc">gr2sq.py</a></li>
<li><a href="#org021e9c0">coeffploter.py</a></li>
<li><a href="#org21eefca">gr2sq.py</a></li>
</ul>
</li>
</ul>
@@ -281,9 +281,9 @@
<br />
</p>
<div id="outline-container-org76c8c19" class="outline-2">
<h2 id="org76c8c19">はじめに</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org76c8c19">
<div id="outline-container-orgeb837bb" class="outline-2">
<h2 id="orgeb837bb">はじめに</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-orgeb837bb">
<p>
複数の時間ステップからなる時間ステップの構造データから、動径分布関数
\(g(r)\) 、積算配位数 \(CN(r)\) 、構造因子 \(S(Q)\) を計算するプログラムです。
@@ -306,16 +306,16 @@ Triclinicなセルでも計算できます。原子ペア毎の\(S(Q)\) を計
</div>
</div>
<div id="outline-container-org3646915" class="outline-2">
<h2 id="org3646915">入力ファイル</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org3646915">
<div id="outline-container-orge530adf" class="outline-2">
<h2 id="orge530adf">入力ファイル</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-orge530adf">
<p>
拡張子で入力ファイルのformatを判断しています。
</p>
</div>
<div id="outline-container-org29f6517" class="outline-3">
<h3 id="org29f6517">LAMMPS</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org29f6517">
<div id="outline-container-org6c95ed4" class="outline-3">
<h3 id="org6c95ed4">LAMMPS</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org6c95ed4">
<p>
dumpコマンドで生成したファイルで、拡張子は.trajectryです。1ス
テップ目で原子のならび決めて、2ステップ目以降は、同じ原子の並びとし
@@ -324,22 +324,22 @@ dumpコマンドで生成したファイルで、拡張子は.trajectryです。
のため、以下のようにdumpとdump_modifyで元素記号の出力し、idでsortし
ておく必要があります。
</p>
<pre class="example" id="orged3296d">
<pre class="example" id="org88f2c0e">
dump 1 all custom 10 hoge.lammpstrj id type element x y z
dump_modify 1 element Si O sort id
</pre>
</div>
</div>
<div id="outline-container-org8b634bb" class="outline-3">
<h3 id="org8b634bb">XYZ</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org8b634bb">
<div id="outline-container-orgcf443dd" class="outline-3">
<h3 id="orgcf443dd">XYZ</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-orgcf443dd">
<p>
xyz形式で、拡張子は.xyzまたは.10です。す。1行目に原子数、2行目に
Step数と、格子定数を記述しておきます。alpha, beta, gammaがない場合
は、90, 90, 90とします。3行目以降にデータがならびます。2ステップ目
以降も同じ形式でデータを並べます。
</p>
<pre class="example" id="org6a56237">
<pre class="example" id="org334c727">
420
Step 225837 18.4116484 18.4116484 18.4116484 90 90 90
Si 10.560073 17.438902 6.614775
@@ -353,41 +353,41 @@ O 17.812448 0.110128 0.3462461
</div>
<div id="outline-container-org39f07e8" class="outline-2">
<h2 id="org39f07e8">出力ファイル</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org39f07e8">
<div id="outline-container-org552aa9b" class="outline-2">
<h2 id="org552aa9b">出力ファイル</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org552aa9b">
<p>
4つのファイルに拡張子を追加して出力します。basenameは、指定しなけれ
ば、インプットファイルと同じになります。
</p>
</div>
<div id="outline-container-orgd46ce4e" class="outline-3">
<h3 id="orgd46ce4e">積算配位数</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-orgd46ce4e">
<div id="outline-container-org8f480d7" class="outline-3">
<h3 id="org8f480d7">積算配位数</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org8f480d7">
<p>
拡張子はcnです。原子ペア毎の \(CN(r)\) が保存されています。
</p>
</div>
</div>
<div id="outline-container-org0c47f5e" class="outline-3">
<h3 id="org0c47f5e">動径分布関数</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org0c47f5e">
<div id="outline-container-org71f4deb" class="outline-3">
<h3 id="org71f4deb">動径分布関数</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org71f4deb">
<p>
拡張子はgrです。原子ペア毎の \(g(r)\) と全原子 \(G(r)\) が保存されています。
</p>
</div>
</div>
<div id="outline-container-org3650f5e" class="outline-3">
<h3 id="org3650f5e">構造因子</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org3650f5e">
<div id="outline-container-org04b4e35" class="outline-3">
<h3 id="org04b4e35">構造因子</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org04b4e35">
<p>
拡張子はsqです。原子ペア毎の \(S(Q)\) とX線と中性子で観測される \(S(Q)\) が保存されています。
</p>
</div>
</div>
<div id="outline-container-org5ea7d6f" class="outline-3">
<h3 id="org5ea7d6f">原子散乱因子と中性子散乱長</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org5ea7d6f">
<div id="outline-container-orgc6deece" class="outline-3">
<h3 id="orgc6deece">原子散乱因子と中性子散乱長</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-orgc6deece">
<p>
拡張子はcoeffです。中性子散乱長と原子散乱因子を出力します。原子散乱
因子は、<a href="https://www.szfki.hu/~nphys/rmc++/downloads.html">xcoeff.f</a>から抽出しています。中性子散乱長は、<a href="https://www.ncnr.nist.gov/resources/n-lengths/">NIST</a>のデータを
@@ -397,9 +397,9 @@ O 17.812448 0.110128 0.3462461
</div>
</div>
<div id="outline-container-org34fb617" class="outline-2">
<h2 id="org34fb617">インストール</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org34fb617">
<div id="outline-container-org822ec7b" class="outline-2">
<h2 id="org822ec7b">インストール</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org822ec7b">
<p>
プログラムはCで作成しています。Cのコンパイラを準備してmakeしてください。
ダウンロードして単にmakeしてください。
@@ -409,25 +409,25 @@ O 17.812448 0.110128 0.3462461
<a href="dump2sq-1.0.tar.gz">dump2sq-1.0.tar.gz</a>
</p>
<pre class="example" id="org33a749e">
<pre class="example" id="org7d80d2a">
make
</pre>
</div>
</div>
<div id="outline-container-org0e462aa" class="outline-2">
<h2 id="org0e462aa">使い方</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org0e462aa">
<div id="outline-container-orgacb531f" class="outline-2">
<h2 id="orgacb531f">使い方</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-orgacb531f">
<p>
並列計算のために、環境変数をセットしてスレッド数を指定しておく。
</p>
<pre class="example" id="orgbb8d7d8">
<pre class="example" id="org04f1aac">
export OMP_NUM_THREADS=4
</pre>
<p>
example以下のglass.lammpstrjを引数で渡して実行してみます。
</p>
<pre class="example" id="org51289f7">
<pre class="example" id="org58222f0">
dump2sq example/glass.lammpstrj
</pre>
<p>
@@ -435,7 +435,7 @@ dump2sq example/glass.lammpstrj
さの半分としています。プログラムが実行されると、次のように出力されて、
4つのファイルが出力されます。
</p>
<pre class="example" id="org70a2314">
<pre class="example" id="org53f3b1c">
basename: example/glass
Maximum cell length = 17.284100
Rmax = 8.642050
@@ -464,7 +464,7 @@ example/glass.sq was generated.
値です。GRmaxは、セルサイズを超えても計算できますが、物理的な意味は
ないでしょう。
</p>
<pre class="example" id="org289f362">
<pre class="example" id="org7cf8256">
./dump2sq -h
usage: dump2sq [options] inputfile
inputfile format
@@ -484,24 +484,30 @@ options:
</div>
</div>
<div id="outline-container-org5bf6dd9" class="outline-2">
<h2 id="org5bf6dd9">misc</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org5bf6dd9">
<div id="outline-container-org2bf0441" class="outline-2">
<h2 id="org2bf0441">misc</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org2bf0441">
</div>
<div id="outline-container-org8da4ec6" class="outline-3">
<h3 id="org8da4ec6">coeffploter.py</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org8da4ec6">
<div id="outline-container-org021e9c0" class="outline-3">
<h3 id="org021e9c0">coeffploter.py</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org021e9c0">
<p>
元素を指定して、原子散乱因子と中性子散乱長をプロットする。
</p>
</div>
</div>
<div id="outline-container-orgbc8b4dc" class="outline-3">
<h3 id="orgbc8b4dc">gr2sq.py</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-orgbc8b4dc">
<div id="outline-container-org21eefca" class="outline-3">
<h3 id="org21eefca">gr2sq.py</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-org21eefca">
<p>
Qの刻みを変えて再計算するために、dump2sqで生成したgrファイルからS(Q)を計算しなおす。結晶のパターンを計算するために、\(2\theta\) で\(Q\) を指定して計算することもできる。
Qの刻みを変えて再計算するために、dump2sqで生成したgrファイルから
S(Q)を計算しなおす。結晶のパターンを計算するために、\(2\theta\) で\(Q\)
を指定して計算することもできる。\(\theta\) と\(Q\) の関係は以下のとおり。
defaultで波長は、CuのK alpha線の1.54183 Åとしている。
\[
Q = \frac{4\pi}{\lambda}\sin(\theta)
\]
</p>
</div>
</div>
@@ -509,7 +515,7 @@ Qの刻みを変えて再計算するために、dump2sqで生成したgrファ
</div>
<div id="postamble" class="status">
<p class="author">Author: 大窪 貴洋</p>
<p class="date">Created: 2022-08-31 水 19:04</p>
<p class="date">Created: 2022-08-31 水 19:16</p>
<p class="validation"><a href="https://validator.w3.org/check?uri=referer">Validate</a></p>
</div>
</body>
Readme.org
+12
View File
@@ -146,4 +146,16 @@ example/glass.sq was generated.
-o --output=%s Output basename [basename]
#+end_example
* misc
** coeffploter.py
元素を指定して、原子散乱因子と中性子散乱長をプロットする。
** gr2sq.py
Qの刻みを変えて再計算するために、dump2sqで生成したgrファイルから
S(Q)を計算しなおす。結晶のパターンを計算するために、$2\theta$ で$Q$
を指定して計算することもできる。$\theta$ と$Q$ の関係は以下のとおり。
defaultで波長は、CuのK alpha線の1.54183 Åとしている。
$$
Q = \frac{4\pi}{\lambda}\sin(\theta)
$$
gr2sq.py
+4 -1
View File
@@ -11,7 +11,7 @@ par = argparse.ArgumentParser(description="test")
par.add_argument('grfile')
par.add_argument('-q', '--qrange', nargs=2, default=None, type=float)
par.add_argument('-t', '--trange', nargs=2, default=[10, 120], type=float)
par.add_argument('--pnt', default=1000>, type=int)
par.add_argument('--pnt', default=1001, type=int)
par.add_argument('--lmd', default=1.54183, type=float)
args = par.parse_args()
@@ -1102,6 +1102,8 @@ class Data():
qmin, qmax = sorted([args.qrange[0], args.qrange[1]])
q = np.linspace(qmin, qmax, args.pnt)
self.sq["Q"] = q
t = args.lmd/4/np.pi * self.sq["Q"]
self.sq["2theta"] = 2*np.arcsin(t[t < 1]) * 180/np.pi
r = np.array(self.gr["r"])
dr = self.gr["r"][1] - self.gr["r"][0]
coeff = 4*np.pi*self.rho/q
@@ -1164,4 +1166,5 @@ class Data():
d = Data(args.grfile)
d.PlotSq()
output.c
+8 -8
View File
@@ -74,9 +74,9 @@ void OutputCN(COMMAND *com, HEAD *head, TYPE *type, DATASET *cn){
fprintf(f, "%15s\n", "Total");
for (i=0; i<cn->n; i++){
fprintf(f, "%14e", cn->x[i]);
fprintf(f, "%24.16e", cn->x[i]);
for (j=0; j<cn->m; j++) {
fprintf(f, " %14e", cn_[i][j]);
fprintf(f, " %24.16e", cn_[i][j]);
}
fprintf(f, "\n");
}
@@ -97,9 +97,9 @@ void OutputGr(COMMAND *com, HEAD *head, TYPE *type, DATASET *gr){
fprintf(f, "%15s\n", "Total");
for (i=0; i<gr->n; i++){
fprintf(f, "%14e", gr->x[i]);
fprintf(f, "%24.16e", gr->x[i]);
for (j=0; j<gr->m; j++) {
fprintf(f, " %14e", gr->y[i][j]);
fprintf(f, " %24.16e", gr->y[i][j]);
}
fprintf(f, "\n");
}
@@ -125,9 +125,9 @@ void OutputSQ(COMMAND *com, HEAD *head, TYPE *type, DATASET *sq){
fprintf(f, "\n");
/* データ */
for (i=0; i<sq->n; i++){
fprintf(f, "%14e", sq->x[i]);
fprintf(f, "%24.16e", sq->x[i]);
for (j=0; j<sq->m; j++){
fprintf(f, " %14e", sq->y[i][j]);
fprintf(f, " %24.16e", sq->y[i][j]);
}
fprintf(f, "\n");
}
@@ -156,9 +156,9 @@ void OutputCoeff(COMMAND *com, HEAD *head, TYPE *type, DATASET *sq){
}
fprintf(f, "\n");
for (i=0; i<sq->n; i++){
fprintf(f, " %12.6f", sq->x[i]);
fprintf(f, " %24.16e", sq->x[i]);
for (j=0; j<type->types; j++){
fprintf(f, " %12.6f", type->XRDcoeff[i][j]);
fprintf(f, " %24.16e", type->XRDcoeff[i][j]);
}
fprintf(f, "\n");
}