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2022-03-12 19:18:46 +09:00
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commit adbd2332c2
1 changed files with 10 additions and 9 deletions
@@ -32,20 +32,21 @@ https://www.cmu.edu/biolphys/deserno/pdf/gr_periodic.pdf
 * 入力ファイル
  拡張子で入力ファイルのformatを判断しています。
 ** LAMMPS
-   dumpコマンドで生成したtrajectryファイルです。1ステップ目で原子のな
-   らび決めて、2ステップ目以降は、同じ原子の並びとして計算しています。
-   時間ステップで原子の並びが変わると、正しい結果にならないので注意し
-   てください。データの並びを決め打ちしています。そのため、以下のよう
-   にdumpとdump_modifyで元素記号の出力し、idでsortしておく必要がありま
-   す。
+   dumpコマンドで生成したファイルで、拡張子は.trajectryです。1ス
+   テップ目で原子のならび決めて、2ステップ目以降は、同じ原子の並びとし
+   て計算しています。時間ステップで原子の並びが変わると、正しい結果に
+   ならないので注意してください。データの並びを決め打ちしています。そ
+   のため、以下のようにdumpとdump_modifyで元素記号の出力し、idでsortし
+   ておく必要があります。
   #+begin_example
   dump              1 all custom 10 hoge.lammpstrj id type element x y z
   dump_modify       1 element Si O sort id
   #+end_example
 ** XYZ
-   xyz形式です。1行目に原子数、2行目にStep数と、格子定数を記述しておき
-   ます。alpha, beta, gammaがない場合は、90, 90, 90とします。3行目以降
-   にデータがならびます。2ステップ目以降も同じ形式でデータを並べます。
+   xyz形式で、拡張子は.xyzまたは.10です。す。1行目に原子数、2行目に
+   Step数と、格子定数を記述しておきます。alpha, beta, gammaがない場合
+   は、90, 90, 90とします。3行目以降にデータがならびます。2ステップ目
+   以降も同じ形式でデータを並べます。
   #+begin_example
   420
   Step      225837   18.4116484 18.4116484 18.4116484 90 90 90