分子構造描画プログラムVESTA

化学を学習する上で、結晶構造や分子の原子/電子構造を可視化して理解する ことは重要です。可視化することで、構造を直感的に理解できるし物質の特徴 を抽出することができます。コンピュータを自由に使えない場合は、紙面上で 原子や電子構造を描いて理解していました。現在は、誰でもコンピュータを使っ て原子や電子の構造を可視化することができます。原子や電子構造を記述する 方法は、いろなフォーマットがありますが、VESTAは、結晶構造から分子まで 多くのフォーマットを読んで三次元構造を描画することができます。Pythonで 簡単な分子構造をテキストファイルで出力させて、三次元構造を描画させるた めに、VESTAをインストールします。VESTAは日本人(門馬さん)が開発して世界 中で使われているフリーの原子構造を描画するソフトウェアです。

VESTAのインストール

以下のURLに接続しダウンロードをクリックします。

http://jp-minerals.org/vesta/jp/

64bit windows用のzipファイルをダウンロードします。

http://jp-minerals.org/vesta/jp/

リンクを右クリックして「名前を付けてリング先を保存」を選択します。

デスクトップを選択します。

ダウンロードしたzipファイルを展開します。展開場所は、default(デスクトップ)のまま展開します。

zipファイルが展開されます。

展開したファイルにあるVESTA.exeが実行ファイルです。

VESTAの起動

Toluene.xyz を「名前を付けてリンク先を保存」からデスクトップに保存先を選びます。保存した Toluene.xyz を右クリックして、プログラムから開くを選択します。

その他のアプリをクリックして、このPCで別のアプリを探すを選択します。

ダウンロードして展開したVESTA.exeを選択します。

VESTAでトルエンの構造が読み込まれるかと思います。

なお「常にこのアプリを使って.xyzファイルを開く」にチェックを入れていれ ば、拡張子.xyzがVESTAと結びつけられるため、xyzファイルのアイコンは以下 のようになります。以後、xyzファイルをダブルクリックすれば、VESTAが起動 してファイルを開いてくれます。